Công đoàn Trường THPT Bắc Mê hiện có 03 Tổ Công đoàn với tổng số là 36 công đoàn viên tham gia sinh hoạt. Nhiệm kỳ 2018 - 2023 hoạt động Công đoàn trường  có nhiều khó khăn  do diễn biến của đại dịch Covid-19  tác động đến đời sống, việc làm, thu nhập của đại bộ phận đoàn viên công đoàn nói chung và hoạt động Công đoàn nói riêng, đơn vị có nhiều thay đổi về nhân sự, giáo viên chuyển vùng công tác. Với vai trò, chức năng của tổ chức công đoàn trường THPT Bắc Mê đã luôn hoàn thành tốt trách nhiệm là tổ chức đại diện, chăm lo bảo vệ quyền và lợi ích chính đáng, hợp pháp cho viên chức, người lao động. Đời sống vật chất, tinh thần của công đoàn viên từng bước được nâng lên; các hoạt động phong trào công đoàn ngày càng sôi nổi, chất lượng, hiệu quả hơn, thường xuyên theo dõi nắm bắt tâm tư nguyện vọng, hỗ trợ đoàn viên công đoàn gặp khó khăn,  giải quyết kịp thời những thắc mắc của người lao động, tham gia kiểm tra, giám sát việc thực hiện các chính sách chế độ cho người lao động, phối hợp với chính quyền trao đổi với người lao động trong việc giải quyết một số đề xuất, kiến nghị của đoàn viên công đoàn góp phần tạo nên sự đoàn kết trong đơn vị.
Tại Đại hội, Ban Chấp hành Công đoàn cũng thẳng thắn nhìn nhận một số tồn tại, hạn chế trong quá trình tổ chức, hoạt động như: Công tác tuyên truyền giáo dục nâng cao nhận thức chính trị, pháp luật trong viên chức, người lao động còn chưa thực sự sáng tạo, đa dạng về hình thức tuyên truyền, giáo dục; chưa thu hút được đông đảo toàn diện công đoàn viên tham gia… Ban Chấp hành Công đoàn trường đã phân tích các nguyên nhân, rút ra các bài học kinh nghiệm và đề ra phương hướng, mục tiêu nhiệm vụ nhiệm kỳ 2023 - 2028.
Phát biểu tại Đại hội Đồng chí Nguyễn Lệ Thủy,Thường trực Công đoàn ngành Giáo dục Hà Giang đánh giá cao và biểu dương sự nỗ lực, cố gắng của Công đoàn Trường THPT Bắc Mê đạt được trong nhiệm kỳ vừa qua và chỉ ra những tồn tại cần khắc phục trong nhiệm kỳ mới. Đề nghị Công đoàn Trường THPT Bắc Mê tiếp tục thực hiện tốt Nghị Quyết Đại hội Đảng Bộ các cấp, làm tốt công tác quán triệt các Nghị quyết của Đảng, chính sách pháp luật của Nhà nước, các nhiệm vụ trọng tâm của ngành, bám sát nhiệm vụ chính trị của cơ sở và Công đoàn cơ sở; làm tốt công tác chăm lo, bảo vệ quyền hợp pháp chính đáng của người lao động thông qua việc tham gia xây dựng các quy chế nội bộ; tổ chức tốt các phong trào thi đua, yêu nước, đẩy mạnh phong trào thi đua...
Đồng chí Nguyễn Xuân Toàn, Bí thư Chi bộ hiệu trưởng nhà trường nhấn mạnh một số giải pháp để Công đoàn cơ sở thực hiện tốt các phương hướng, nhiệm vụ trọng tâm trong nhiệm kỳ 2023 - 2028. Ban Chấp hành Công đoàn Trường THPT Bắc Mê chủ động, nắm bắt tâm tư, nguyện vọng, ổn định tư tưởng của công đoàn viên để cùng đồng lòng, chung sức thực hiện thắng lợi các nhiệm vụ chính trị, chuyên môn mà Chi bộ, Công đoàn cơ sở được giao phó.
Đại hội đã bầu ra Ban Chấp hành Công đoàn Trường THPT Bắc Mê, nhiệm kỳ 2023-2028 gồm 5 đồng chí và bầu 02 đại biểu chính thức và 01 đại biểu dự khuyết tham dự Đại hội Công đoàn ngành Giáo dục Hà Giang lần thứ XVI.